Серик Шапкенов после окончания университета пришел на работу в госорганы Западно-Казахстанской области, где последовательно делал карьеру от ведущего специалиста в фонде окружающей среды до первого заместителя акима региона. Шапкенов – самый молодой из руководителей такого ранга в Казахстане.