После распада СССР Турция первая признала независимость Узбекистана и открыла свое посольство в Ташкенте. В начале 90-х Турция и турецкая модель были примером для подражания: по примеру Турции Узбекистан начал перевод своего алфавита с кириллицы на латиницу, который так и не завершился до конца. Если до 2014 года украинское представительство в ООН находилось в одном месте с российским, то представительство Узбекистана и еще нескольких стран Центральной Азии находились в одном здании с турецким. Легко вспомнить время, когда в Узбекистане отключали некоторые российские телеканалы, включая взамен турецкие.

Постепенно интеллигенция Узбекистана начала отождествлять себя с тюркским миром, и на вопрос: «К какой национальности они относятся?», они отвечали гордо: «Мы - узбекские турки», а не тюрки. В частности, можно почитать книгу воспоминаний узбекского писателя Усмон Азима, который очень ярко описывает свои впечатления от «нового братства» с Турцией. Особой популярностью пользовалась турецкая образовательная система, которая популяризовалась с помощью турецких лицеев. Узбекистан посещали турецкие лидеры Тургут Озал и Сулейман Демирель.

Но постепенно отношения между двумя странами начали ухудшаться, а многие турецкие лицеи - закрываться. Власти подозревали Турцию в попытках "промыть мозги" молодежи, распространить пантюркистскую идеологию и через спецслужбы оказать всяческое содействие распространению идеологии движения «Нурджилар» - нурсистов.

На ухудшение отношений между двумя странами повлияла также серия акций силовиков Узбекистана по отъему бизнеса турецких предпринимателей в 2009-2010 годах, когда были полностью закрыты популярные турецкие гипермаркеты «TURKUAZ» и «DEMIR», а также кафе и рестораны турецкой кухни. В некоторых областях была приостановлена работа текстильных и обувных фабрик турецких инвесторов. Турецкие компании в Узбекистане обвинялись в создании теневой экономики, ведении двойной бухгалтерии, а также в том, что через них распространялись националистическая и экстремистская идеологии.