42-летний Ернар Бакенов окончил Карагандинский государственный университет им. Е.А.Букетова по специальности «Экономика». Трудовую деятельность начал в филиале Народного банка Караганды с должности контролёра-кассира. С 1997 по 2007 годы работал на должностях ведущего, главного инспектора, начальника отдела организации контроля таможенного оформления таможенного комитета министерства государственных доходов .
С 2008 по 2012 годы работал в АО «Центр развития торговой политики» в должности главного эксперта, заместителя директора, директора департамента анализа внешнеторговой политики и развития торговли. С 2012 по апрель 2017 года работал директором департамента международной экономической интеграции министерства национальной экономики.