Ермек Алпысов в разные годы работал в коммерческом секторе, был заместителем акима Аксуского района Алматинской области, заместитель акима и акимом города Талдыкорган, работал государственным инспектором отдела государственного контроля и организационно-территориальной работы администрации президента. До нового назначения занимал должность заместителя заведующего этим отделом.