Протокол предусматривает включение в перечень госорганов, функционирующих в городе Байконур, дополнительно подразделения 10 госорганов Республики Казахстан. Это подразделение уполномоченного органа РК в области охраны окружающей среды, подразделение министерства юстиции, представитель уполномоченного органа по контролю за использованием и охраной земель местного исполнительного органа Кызылординской области, подразделение КНБ РК, подразделение пограничной службы РК, администратора судов по Кызылординской области, департамента по обеспечению деятельности судов при Верховном суде, подразделение казначейства министерства финансов, комитета по статистике министерства национальной экономики, Байконырский филиал Кармакшинского районного отдела занятости и социальных программ.
Раньше в этом соглашении было закреплено только восемь государственных органов – суд, прокуратура, подразделения аэрокосмического комитета, специальный представитель президента и другие.