В 2006-2007 годах Марат Шайхутдинов был заместителем заведующего Центром внешней политики Администрации Президента, а в 2007-2009 годах возглавлял Институт мировой экономики и политики при Фонде Первого Президента Республики Казахстан. В 2009-2015 годах был заместителем секретаря Совета Безопасности Республики Казахстан. В июне 2015 года назначен первым заместителем Секретаря Совбеза.