Он сменил на этом посту Нурлыбека Ожаева.
Серик Шапкенов после окончания университета пришел на работу в госорганы Западно-Казахстанской области, где последовательно делал карьеру от ведущего специалиста в фонде окружающей среды до первого заместителя акима региона.
С 2001 по 2007 года занимал должности ведущего специалиста фонда охраны окружающей среды акима Западно-Казахстанской области, главного специалиста управления финансов акима Западно-Казахстанской области и заместителя директора департамента сельского хозяйства Западно-Казахстанской области.
С января 2015 года Серик Шапкенов является государственным инспектором отдела государственного контроля и организационно-территориальной работы администрации президента Казахстана. Ранее 37летний Шапкенов занимал заместителя акима, первого заместителя акима Западно-Казахстанской области. Кроме того 3 года работал начальником управления экономики и бюджетного планирования Западно-Казахстанской области.