Аубакиров до назначения занимал пост руководителя управления межотраслевой координации комитета индустриального развития и промышленной безопасности министерства по инвестициям и развитию Казахстана.
Свою трудовую деятельность начал в 2003 году заместителем коммерческого ТОО «Центрпродсервис», после окончания Карагандинского финансового института по специальности. С 2008 по 2010 года работал в управлении внутреннего администрирования комитета промышленности министерства индустрии и новых технологий Казахстана. После чего три года был главным экспертом управления промышленной политики Комитета промышленности министерства индустрии и новых технологий. Около года был главным экспертом управления стройиндустрии и деревообрабатывающей промышленности комитета индустриального развития и промышленной безопасности министерства по инвестициям и развитию.