Большинство внутренних рейсов страны осуществляются из Алматы (15 маршрутов), Астаны (15 маршрутов) и Актау (6 маршрутов).
На самом востребованном маршруте Алматы – Астана перевозками занимаются четыре авиакомпании: «Эйр Астана», «СКАТ», «Бек Эйр» и «Qazaq Air».
По информации ведомства, в настоящее время по двум маршрутам (Алматы – Астана, Алматы – Шымкент) выполняют рейсы четыре авиакомпании, по семи маршрутам (Алматы – Оскемен, Алматы – Павлодар, Алматы – Костанай, Алматы – Актау, Астана – Шымкент, Астана – Актау, Астана – Актобе) – три авиакомпании; по 14 маршрутам (Алматы – Караганды, Алматы – Кызылорда, Алматы – Орал, Алматы – Атырау, Алматы – Актобе, Алматы – Семей, Астана – Тараз, Астана – Кызылорда, Астана – Орал, Астана – Оскемен, Астана – Павлодар, Астана – Атырау, Астана – Талдыкорган, Актау – Атырау) – 2 авиакомпании и по остальным 16 маршрутам – 1 авиакомпания.
«В 2012 году были сняты все ограничения на рынке внутренних авиационных перевозок (...), таким образом, каждая казахстанская авиакомпания имеющая допуск к выполнению регулярных внутренних коммерческих воздушных перевозок имеет право выполнять регулярные рейсы на любом внутреннем маршруте в соответствии с имеющимся спросом.», - говорится в сообщении министерства.