В задачах программы - совершенствование мер профилактики религиозного экстремизма и терроризма, которые должны сформировать нулевую терпимость и иммунитет к радикальной идеологии в обществе.
Вместе с этим она должна повысить эффективность выявления и пресечения религиозного экстремизма и терроризма, в том числе через совершенствование системы специальных государственных и правоохранительных органов, системы реагирования на террористические проявления. В целом она должна минимизировать и ликвидировать последствия террористической и экстремистской деятельности.
Программа КНБ станет одной из мер, анонсированных в 2017 году в послании президента. Во время него Нурсултан Назарбаев поручал усилить борьбу с пропагандой религиозного экстремизма и начать работу по «теологической реабилитации» осужденных. Эти поручения также вошли в госпрограмму КНБ.