Накануне около 100-150 граждан двух стран закидали друг друга камнями. Пограничная служба Кыргызстана сообщила, что конфликт был вызван попыткой погрузить гравий на воднораспределительном пункте «Головной» в селе Кок-Таш Баткенского района таджикскими гражданами и установлением камер видеонаблюдения без какого-либо договора, и назвала действия таджикской стороны провокационными. Прибывшие на место пограничники потребовали остановить работы, позже на месте конфликта с обеих сторон собрались местные жители.
В результате пострадали 3 человека, один кыргызстанец был ранен пулей в глаз, Таджикистан сообщил о 7 пострадавших.
Полпред правительства в Баткенской области Омурбек Суваналиев сообщил, что губернатор Согдийской области пообещал убрать камеры, послужившие поводом для конфликта, однако аким Исфаринского района отказался подчинится приказу руководства.
Погранслужба РТ заявила, что построенное еще в 1968 году гидросооружение полностью находится на территории Таджикистана, «однако Кыргызстан в одностороннем порядке оккупировал это сооружение и против мирного таджикоязычного населения приграничных районов использует возможности бойцов специального назначения, переодетых в гражданскую форму». Кыргызская сторона называет эту информацию не соответствующей действительности.
Утром 29 апреля на приграничной территории обстановка обострилась, были слышны выстрелы. По сообщению погранслужбы Кыргызстана в четверг, примерно с 4:40 в местности Кочо-Бою граждане Таджикистана начали забрасывать камнями кыргызстанцев и их дома. Позже с таджикской стороны начался обстрел из охотничьих ружей мимо проезжавших автомашин граждан Кыргызстана. Сообщается, что с кыргызской стороны один человек получил огнестрельное ранение и еще трое пострадали от закидывания камнями.
Всего в результате конфликта пострадали 8 человек.
Из-за напряженной ситуации на территории айылных аймаков Ак-Татыр, Ак-Сай и Самаркандек Баткенской области ввели режим ЧП. По данным погранслужбы, стрельба с таджикской стороны периодически продолжается. Участок Торт-Кочо на автотрассе Ош – Баткен – Исфана перекрыт. В районе реки Ак-Суу, где расположен водораспределительный пункт «Головной», сохраняется напряженность, в селе Кок-Таш отсутствует электричество из-за обстрела трансформатора таджикскими гражданами, сообщили местные жители.
ГКНБ Кыргызстана сообщает, что в 14:00 «войска и спецназ МВД Таджикистана начали массированный обстрел с минометов, пулеметов и автоматов, водозабора “Головной”, расположенный в селе Кок-Таш Баткенского района».
На место конфликта прибыл замглавы ГКНБ Уларбек Шаршеев, в администрации Баткена сообщают, что переговоры с таджикской стороной все еще продолжаются.