На прениях прокурор запрашивал для обвиняемых от четырех до десяти лет лишения свободы. Адвокаты заявили, что их подзащитные с обвинениями не согласны. Защита просила суд обратить внимание на нарушения, допущенные во время следствия, а также на то, что причина взрывов не установлена, вина подсудимых не доказана.
Судебный процесс по делу о взрывах на военных складах стартовал 11 мая 2020 года. Среди подсудимых — командир воинской части в Арыси и его заместитель. Им вменили «Нарушение правил безопасности на взрывоопасных объектах, повлекшее по неосторожности смерть человека и тяжкие последствия» (статья 281 уголовного кодекса) и «Халатность» (статья 371).
Суд проходил за закрытыми дверями, это объяснили наличием в материалах дела сведений, составляющих государственную тайну.
Взрывы на военных складах в Арыси прогремели 24 июня 2019 года. Тогда сотни домов в городе были разрушены, официально сообщалось о четырех погибших и более сотни пострадавших. 40-тысячный город был полностью эвакуирован.