Документ направлен на сохранение биологического разнообразия, экосистем и обеспечение устойчивого использования биологических ресурсов Каспийского моря и позволит Казахстану принимать участие в сохранении биологического разнообразия морской среды Каспийского моря, совершенствовать национальное законодательство, а также даст возможность обеспечить устойчивое использование биологических ресурсов и содействовать многостороннему сотрудничеству государств по реализации быстрых и эффективных мер защиты морской среды Каспийского моря.
Каждая сторона, при невозражении других сторон, может для целей настоящего протокола выделять охраняемые районы в морской среде и на прибрежной территории с целью защиты мест обитания видов, находящихся под угрозой исчезновения, мест обитания, жизненно важных для выживания, размножения и восстановления находящихся под угрозой или эндемичных видов флоры и фауны, защиты объектов особой важности, ввиду их научной, эстетической, культурной или образовательной значимости. Для охраны районов и управления ими стороны будут принимать необходимые природоохранные меры. Среди них введение запрета на захоронение или размещение отходов и прочих веществ, которые могут прямо или косвенно нанести вред целостности экосистемы, регулирование любой деятельности, связанной со строительными или изыскательными работами, а также регулирование рыболовства, охоты, отлова животных, сбора растений или их уничтожения.