Болат Бекнияз родился в 1962 году в Акмолинской области. Окончил Казахский политехнический институт имени В.И. Ленина, Академию государственной службы при президенте, Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова, Таразский государственный университет имени М. Дулати. В разные годы работал в Институте геологических наук имени К. Сатпаева, в структуре министерства природных ресурсов и охраны окружающей среды, был замдиректора по науке АО НПО «Евразийский центр воды», внештатным советником министра охраны окружающей среды по водным вопросам, заместителем председателя комитета по водным ресурсам министерства охраны окружающей среды, после – министерства сельского хозяйства. С 2016 года занимал должность директора исполнительной дирекции Международного Фонда спасения Арала в Казахстане.