Арсен Жаканбаев родился в 1988 году в Алматинской области. Окончил Казахский национальный университет им. аль-Фараби, Карагандинский экономический университет Казпотребсоюза.  В разные годы работал в ГУ «Зональный гидрогеологическо-мелиоративный  центр», в Кызылординском филиале РГУ «Казводхоз», в РГУ «Нура-Сарысуская бассейновая инспекция по регулированию использования и охраны водных ресурсов» в Караганде, в структуре министерства окружающей среды и водных ресурсов, министерства сельского хозяйства, в министерстве национальной экономики, в министерстве экологии, геологии и природных ресурсов. С июля 2023 года был директором департамента водной политики министерства экологии и природных ресурсов.