Каныш Абубакиров родился в 1977 году в с. Турткуль Южно-Казахстанской области. Окончил Военную академию Вооруженных Сил Республики Казахстан и Национальный университет обороны (специальность «военное и государственное управление»). В разные годы был командиром войсковых частей в Карагандинской области, в Актау и Алматы, заместителем командующего аэромобильными войсками (по боевой подготовке) – начальником управления боевой подготовки управления командующего аэромобильными войсками Вооруженных сил, начальником штаба – первым заместитель командующего Десантно-штурмовыми войсками, командующим войсками регионального командования «Запад», командующим Десантно-штурмовыми войсками Сухопутных войск. До нового назначения был начальником главного штаба – первым заместителем Главнокомандующего Сухопутными войсками Вооруженных сил.