Дмитрий Малахов родился в 1974 году в Кокшетау. Окончил Алматинскую высшую школу МВД РК и Университет экономики и финансов им. Рыскулова по специальности «юрист – правовед, экономист».
Работал в органах внутренних дел, финансовой полиции, антикоррупционной службе, службе экономических расследований, в комитете по финансовому мониторингу министерства финансов, был зампредом и первым заместителем председателя агентства по противодействию коррупции. С октября 2023 года занимал должность заместителя председателя агентства по финансовому мониторингу.