Жомарт Алиев родился в 1969 году в Акмолинской области. Окончил Казахский политехнический институт имени В.И. Ленина, Кокшетауский университет имени А. Мырзахметова. В разные годы работал на руднике комбината «Васильковский ГОК», в структуре комитета геологии и охраны недр министерства природных ресурсов и охраны окружающей среды, был начальником Павлодарской региональной инспекции охраны и использования недр территориального управления «Центрказнедра», работал на разных должностях в структуре министерства охраны окружающей среды, министерства нефти и газа, на руководящих должностях в министерстве энергетики, был советником министра экологии и природных ресурсов. До нового назначения возглавлял комитета экологического регулирования и контроля министерства экологии и природных ресурсов.