Ержан Нурлыбаев родился в 1975 году в Темиртау. Окончил Карагандинскую государственную медицинскую академию по специальности «лечебное дело» и Карагандинский экономический университет Казпотребсоюза по специальности «менеджмент».
Трудовую деятельность начал в 1998 году врачом-хирургом Первой городской больницы Караганды. В разные годы работал заместителем директора по лечебной работе этой больницы, был главным хирургом Карагандинской области, возглавлял Областной центр травматологии и ортопедии им. Х.Ж.Макажанова и управление здравоохранения Карагандинской области, был председателем совета директоров НАО «МУК». До нового назначения возглавлял областную клиническую больницу в Караганде.