В 1988 Борис Джапаров защитил докторскую диссертацию по специальности «системный анализ и автоматическое управление», в 1991 году ему присвоено ученое звание профессора по кафедре информатики.
С 1976 года по 1989 год работал инженером, младшим научным сотрудником, старшим научным сотрудником, заведующим проблемной научно-исследовательской лаборатории автоматизированных систем управления Казахского политехнического института.
С 1989 по 1996 годы Джапаров работал в Институте повышения квалификации и переподготовки государственных служащих при правительстве Казахстана в должностях заведующего кафедрой, проректора и первого проректора.
В 1997 года переведен на дипломатическую службу и по 1999 год работал советником посольства Казахстана в Турецкой Республике.
С 1999 года по 2000 годы работал консультантом фирмы NOKIANETWORS (Финляндия) по Центральной Азии.
С 2001 года по 2004 годы занимал должность заместителя руководителя проекта USAID (США) «Поддержка экономического и бизнес образования в университетах Центральной Азии», с 2001 года также работал в Ассоциации пользователей научно-образовательной компьютерной сети Казахстана «КазРЕНА».
Борис Джапаров является лауреатом премии комсомола Казахстана, обладателем нагрудного знака имени Ыбырай Алтынсарина Министерства образования и науки Казахстана, серебряной медали Ахмета Байтурсынова Ассоциации вузов Казахстана, его труд по созданию национальной научно-образовательной сети «КазРЕНА» отмечен почетным сертификатом высшего руководства НАТО.