Саят Шаяхметов работал в министерстве образования с момента окончания вуза в 1999 году. В конце 2000-х он был назначен проректором КазНУ им. Аль-Фараби, два года спустя возглавил представительство университета в Астане. В 2011-м Шаяхметов стал заместителем министра образования и науки, придя на работу к своему прежнему руководителю по КазНУ – Бахытжану Жумагулову.