«ДВК против Алиева»
В конце ноября 2001 года большая группа казахстанских государственных деятелей и предпринимателей выступила с заявлением о создании политического движения «Демократический выбор Казахстана». Лейтмотивом ее создания стала борьба с Рахатом Алиевым – бизнесмены и чиновники обвиняли его в попытках рейдерства, давлении, попытках установить неограниченное влияние.
Алиев был снят с должности первого зампреда Комитета нацбезопасности, однако уже спустя несколько дней он был назначен замначальника Службы охраны президента.
Участники Демвыбора Казахстана лишились должностей, впоследствии только некоторые из них вернулись на госслужбу. Алиев же через несколько месяцев уехал работать послом Казахстана в Австрии.
Гибель Анастасии Новиковой
Казахстанская журналистка и телеведущая Анастасия Новикова погибла в 2004 году, упав с балкона квартиры в Бейруте. Новикова, как заявляла ее семья, имела связь с Рахатом Алиевым и родила от него дочь. Родственники уверены, что Анастасия не покончила с собой, как заявила ливанская полиция, а была жестоко убита.
Девушка состояла в официальном браке с дальним родственником Алиева, который работал в посольстве Казахстана в Австрии и погиб за несколько месяцев до нее.
Тело Новиковой было тайно доставлено в Казахстан и захоронено на юге республики. Впоследствии проводилось официальное расследование ее гибели, однако о его результатах до сих пор достоверно неизвестно.
Убийство топ-менеджеров Нурбанка
28 мая 2007 года Генеральная прокуратура Казахстана санкционировала арест Рахата Алиева. Его обвиняли в причастности к похищению топ-менеджеров «Нурбанка» Абильмажена Гилимова и Жолдаса Тимралиева. Банкиры были похищены, как впоследствии выяснилось, удерживались Алиевым несколько дней, их пытали, после чего они были убиты. Тела нашли только спустя несколько лет.
15 мая 2008 года Алмалинский районный суд заочно приговорил Алиева к 20 годам лишения свободы, с отбыванием наказания в колонии строгого режима, конфискацией имущества, и лишением права занимать государственные должности и осуществлять банковскую деятельность.
К моменту начала судебного процесса Алиев перебрался в Австрию и попросил политического убежища. В декабре 2014 года в Австрии Алиеву предъявили обвинения в причастности к убийству двух банкиров. Свою вину он отрицал, называя обвинения сфабрикованными.
6 июня 2014 года земельный суд Вены арестовал Алиева. Ордер на его арест был выдан ещё 19 мая. Он предполагал, что Алиев мог быть задержан в любой стране Евросоюза и передан в Австрию для дальнейших следственных действий. После этого арест продлевался несколько раз. В конце января 2015 году начало судебных слушаний было отложено из-за жалобы экс-главы КНБ Альнура Мусаева, который не согласился с предъявленными ему обвинениями. В случае, если бы суд установил вину Алиева, ему мог бы грозить срок вплоть до пожизненного лишения свободы.
ОПГ «Совершенно секретное управление»
26 марта 2008 года военный суд Акмолинского гарнизона заочно приговорил Рахата Алиева к 20 годам лишения свободы с отбыванием наказания в исправительной колонии строгого режима с конфискацией имущества. Тогда следствие установило, что Алиев и Мусаев сформировали организованную преступную группу «Совершенно секретное управление», и в период с 1997 года по май 2007 года руководили ею.
На первом этапе деятельности их целью было личное обогащение руководителей, в том числе путем вымогательств, силового прикрытия теневой деятельности аффилированных с ними предприятий, а также проведение рейдерских захватов. На втором этапе ими ставилась задача реализовать политические интересы руководителей преступной группы через силовое давление на политические и бизнес-элиты. На третьем этапе главной целью становился государственный переворот и приход Алиева и Мусаева к верховной власти в Казахстане.
Махинации в Европе
В марте 2014 года суд по уголовным делам Австрии наложил арест на имущество Алиева из-за подозрения в финансовых махинациях. Как писали СМИ, подозрения вызвали инвестиции Алиева на Мальте и махинации в Германии.
В 2007 году источник агентства Интерфакс в МВД Казахстана заявлял, что правоохранительные органы Вены возбудили уголовное дело по факту подозрительных сделок, проведенных Алиевым в конце мая того года. Агентству сообщили, что Алиев открыл в банках Австрии несколько счетов на свое имя или на компании, которыми он управлял. На этих счетах, по данным правоохранительных МВД Казахстана находилось несколько миллионов евро и долларов США. Австрийские спецслужбы проверяли происхождение этих денег.
В итоге арест был наложен на ряд крупных компаний, яхт-клуб, пресс-центр, трастовые фонды, которыми управлял Алиев. А происхождение денежных средств, находящихся на его счетах было классифицировано как «криминальное».
Убийство политика Алтынбека Сарсенбаева
В феврале 2006 года в Алматы были похищены и убиты политик Алтынбек Сарсенбаев, его водитель Василий Журавлев и охранник Бауржан Байбосын. Следствие установило, что заказчиком преступления был Ержан Утембаев, который дал признательные показания, но в суде отказался от них. Весной 2012 года Рустам Ибрагимов, который судом был признан исполнителем преступления, заявил, что заказчиком убийства был не Ержан Утембаев, а бывший глава КНБ Альнур Мусаев и экс-посол Казахстана в Австрии Рахат Алиев.
В конце июля 2014 года Генеральная прокуратура заявила, что обвинения Алиеву не были предъявлены. Для расследования этого дела генпрокуратура создала межведомственную рабочую группу из числа сотрудников КНБ, МВД и самой Генпрокуратуры. Обвинения, как ожидалось, должны были предъявить после окончания следствия. Сам Алиев категорически отрицал причастность к убийству политика и его помощников.