В середине января 2021 года Агентством по противодействию коррупции было зарегистрировано досудебное производство в отношении руководства управления комфортной городской среды города Алматы и ТОО «BI-Industrial», а также управления строительства города Шымкент и ТОО «BI-Industrial» по фактам хищения бюджетных денежных средств, выделенных на строительство инфекционных больниц. Департамент внутреннего госаудита заключил, что стоимость каждой из двух больниц была завышена на 3,9 млрд тенге при стоимости алматинского госпиталя на 280 мест в 5,5 млрд тенге, и шымкентской больницы на 200 мест в 5,8 млрд тенге.

Однако по итогам дальнейшего расследования судебные производства в отношении управлений акиматов Шымкента и Алматы были прекращены: «В настоящее время в производстве Антикоррупционной службы досудебных производств по проверке фактов хищения бюджетных средств при строительстве инфекционных госпиталей не имеется».

При этом по алматинскому госпиталю департаментом внутреннего государственного аудита (ДВГА) были установлены финансовые нарушения в части недостачи в Городской клинической инфекционной больницы им. И.С.Жекенова 91 единицы бактерицидного облучателя ARLAN («МедАспапОптика») на сумму 3,1 млн. тенге и излишек аппарата ИВЛ SV 800 (Китай) на сумму 27,7 млн. тенге.

В Шымкенте, в свою очередь ДВГА установлены финансовые нарушения в части «перечисления компанией «BI-Industrial» средств в сумме 2,6 млрд тенге без подтверждающих документов о выполнении работ».

Нарушения были найдены ДВГА и в ковидном госпитале в Северо-Казахстанской области, где договор о строительстве больницы на 200 мест стоимостью свыше 7 млрд тенге был заключен между областным управлением строительства и ТОО «KAZPAKO». «Установлены нарушения правил ведения бухгалтерского учета в государственных учреждениях (оприходование модульного здания на счет 2411 «Незавершенное строительство» вместо 2321 «Нежилые здания», не начисления учреждением СКО износа за 2020 год на сумму 90,2 млн.)», − говорится в ответе премеьера на депутатский запрос.

В Костанайской области, где по договору между управлением строительства, архитектуры и градостроительства и ТОО «KAZPACO» был построен ковидный госпиталь стоимостью свыше 7 млрд тенге, ДВГА установил 13 нарушений процедурного характера, а также нарушения в части оприходования мебели, инвентаря и техники на сумму 1,8 млрд тенге на баланс основных средств без разделения компонентов и элементов, указанных в передаваемом перечне товаров. 

В Павлодарской области ДВГА установил факт излишней оплаты средств за медицинское оборудование в сумме свыше 51 млн. в виде возмещения полной ставки НДС, тогда как медицинские изделия (оборудования) освобождены от оборота на НДС. Договор на строительство госпиталя стоимостью 7,3 млрд тенге в этом регионе был заключен между управлением строительства и  ТОО «KAZPACO». Управление уже направило исковое заявление в специализированный межрайонный экономический суд Павлодарской области о взыскании с ТОО «KAZPACO» необоснованно выплаченных средств».

«Вышеуказанные материалы аудита территориальных департаментов комитета направлены в антикоррупционную службу соответствующих регионов. При этом по остальным регионам комитетом будет проведено предварительное изучение с учетом проведенных и предстоящих проверок другими органами государственного аудита», − говорится в ответе на депутатский запрос. 

Решение о строительстве коронавирусных госпиталей в ряде регионов Казахстана было принято в апреле 2020 года. В ноябре того же года в построенной больнице в Алматы начались проблемы с отоплением. В начале 2021 года стало известно о начале досудебного расследования по делу о хищении денег, выделенных на строительство модульного госпиталя в Алматы.

СМИ сообщали о том, что в рамках них были задержаны руководитель управления комфортной городской среды Алматы Сапар Нурашев и директор BI-Industrial, дочерней компании BI Group, Арман Лесбеков. Позднее в акимате и BI Group опровергли их задержание, а агентство по противодействию коррупции заявило о начале досудебного расследования только в отношении Нурашева. Оно было зарегистрировано в Едином реестре досудебных расследований 16 января 2021 года по статье о присвоении или растрате чужого имущества (2 часть 4 статья 189 УК).

В феврале 2021 года стало известно, что компания Deloitte провела проверку расходов на строительство инфекционных больниц в столице и Алматы. Однако  аудиторы отказались представлять отчет общественности, объяснив это тем, что документ является интеллектуальной собственностью компании и не подлежит распространению третьим лицам. В BI Group также отказались от публикации результатов проверки.

20 мая глава BI Group Айдын Рахимбаев признал, что ковидный госпиталь в Алматы был построен из б/у блоков, стоимость которых составляла 1,9 млрд тенге.