Основными целями соглашения являются обеспечение законности оборота товаров, защита прав потребителей, сокращение теневой экономики, увеличение поступлений налогов в бюджет, выравнивание конкурентных условий ведения бизнеса в рамках союза.

Положения соглашения регламентируют сроки и порядок введения маркировки, устанавливают единые требования к средствам идентификации и их нанесению на товар, формат, состав и структуру передаваемых сведений о маркированных товарах между государствами-членами Евразийского экономического союза.

Маркировке подлежат товары, ввезенные на территорию таможенного союза и произведенные на его территории. При этом допускается маркировка товаров за пределами таможенного союза. Перечень маркируемых товаров единогласно утверждается советом Евразийской экономической комиссии по предложению стран с представлением полного анализа целесообразности введения маркировки.

В случае отсутствия решения о введении маркировки определенной группы товаров на территории союза, государство-инициатор имеет право ввести маркировку в соответствии со своим законодательством. В случае возникновения намерений другие государства-члены могут присоединиться к маркировке.

Соглашением также предусмотрены случаи, при которых товары не подлежат к маркировке, например, когда они произведены для экспорта за пределы таможенной территории союза.