Ранее ее обвинили в плагиате. По результатам проверки ее докторской диссертации только 40% работы вице-министра оказалось оригинальным. Сенатор Едил Мамытбеков просил премьер-министра «избавить научное сообщество и систему высшего образования от позора работы с вице-министром». Сама Жакыпова отрицает факт плагиата, заявляя, что эти выводы не обоснованы, а «атака в СМИ связана с ее профессиональной деятельностью».

Фатима Жакыпова занимала пост вице-министра МОН с апреля этого года. До этого была ректором Академии государственного управления при президенте РК.