По информации госкомитета, с 2016 года Матраимов и другие должностные лица наладили коррупционную схему «по извлечению теневых доходов при таможенном администрировании», нанеся ущерб государству в особо крупном размере. Сейчас ведется следствие, чтобы установить точную сумму ущерба и найти других причастных к коррупционной схеме.
Райымбек Матраимов – один из главных фигурантов журналистского расследования «Клооп», «Азаттык» и OCCRP о выводе из Кыргызстана более $700 млн. Информатор журналистов, Айеркен Саймаити, признался, что незаконно вывез деньги из страны и заявил, что коррупционная сеть была налажена с помощью тогда еще зампреда таможни Матраимова. После этого Саймаити убили. Матраимов опровергал свою причастность к выводу средств, а финпол, проверив доводы журналистов, заявил, что имущества Матраимовых за рубежом не найдено.