Cейчас Масимов на основании постановления Агентства по противодействию коррупции находится в следственном изоляторе КНБ в Астане. В отношении него продолжается досудебное расследование по статье 218, часть 3, пункт 3 (легализация (отмывание) денег и иного имущества, полученных преступным путем) и статье 366, часть 4 (получение взятки в особо крупном размере) Уголовного кодекса.
Карим Масимов был задержан во время январских событий 2022 года, его назвали одним из их организаторов. Вслед за ним были арестованы трое его замов, а еще позднее – другие высокопоставленные сотрудники КНБ. Масимова обвинили в попытке госпереворота, госизмене, превышении должностных полномочий. Расследование в отношении бывшего главы КНБ было засекречено. Суд над ним начался в ноябре 2022 года и проходил полностью в закрытом режиме. 24 апреля 2023 года суд приговорил бывшего главу КНБ к 18 годам лишения свободы, его заместитель Ануар Садыкулов был приговорен к 16 годам лишения свободы, другой бывший заместитель председателя КНБ Даулет Ергожин получил срок 15 лет, а Марат Осипов – три года лишения свободы. Кроме того, в доход государства от осужденных взыскано свыше 10 млрд тенге и $24 млн.
16 июня 2023 года апелляционная инстанция по уголовным делам суда Астаны смягчила режим отбывания наказания Масимову, Садыкулову и Ергожину с учреждения максимальной на среднюю безопасность.
В ноябре стало известно, что в отношении Карима Масимова продолжается досудебное расследование по статьями 218 и 366 Уголовного кодекса.