В 1993 году Субханбердин возглавил один из первых казахстанских комбанков — Казкоммерцбанк. Через короткое время смог сосредоточить в своих руках большую часть акций банка и стал его крупнейшим акционером. С 2002 года — председатель совета директоров Казкома. В настоящее время напрямую и через компанию Центрально-Азиатская инвестиционная компания контролирует почти 54% акций Казкома.