На тот момент он был вторым по величине финансовым институтом в Казахстане. В мае 2009 года фонд Самрук-Казына приобрел 21,2% акций банка, чтобы увеличить его капитал на 44,47 млрд тенге и предотвратить дефолт. Тогда объем неработающих активов Казкома составлял 18,74% от ссудного портфеля размером 2,51 трлн тенге, а доходы банка в 2008 и 2009 годах едва покрывали расходы, которые в основном были связаны с формированием провизий под плохие кредиты.

Реструктуризация внешних обязательств и некоторое снижение уровня проблемных займов благодаря госпрограмме рефинансирования помогли Казкому устоять в кризис. Однако Самрук-Казына начал сокращать присутствие в Казкоме только в августе 2014 года - в самом начале его консолидации с БТА банком. Решение об их объединении было принято после продажи по 46,5% акций БТА предпринимателю Кенесу Ракишеву и Казкоммерцбанку, которой предшествовало требование президента Нурсултана Назарбаева о срочном выходе государства из капитала банков. Переговоры по продаже БТА велись долго и с несколькими институциональными инвесторами, в числе которых был крупнейший на тот момент Народный банк. Но все сочли сделку рискованной.

Консолидация стала большим вызовом для Казкома. В середине 2014 года объем проблемных займов у БТА составлял 89,66% от ссудного портфеля (порядка 2,4 трлн тенге). По данным самого банка, около половины из них были похищены бывшим председателем совета директоров Мухтаром Аблязовым. Казком, купивший долю в БТА почти за $500 млн., не стал вливать средства в его капитал, но решил сделать на его базе фонд управления стрессовыми активами. К тому моменту у Казкома были уже три дочерние компании с тем же профилем. По заявлениям руководства банка, на конец 2013 года в двух из них находились активы примерно на $300 млн.

По итогам 2015 года уже объединенный Казком показал убыток в 18,4 млрд тенге, хотя в предыдущие два года демонстрировал прибыль. Отрицательные результаты в банке объяснили формированием провизий. Однако капитал банка за тот год сократился на 11% - до 373,26 млрд тенге. В то же время активы Казкома выросли к тому моменту почти на 20% - до 5,09 трлн тенге. Но важно учитывать, что в течение 2015 года БТА и Казком проводили обмен активами на общую сумму в 1,5 трлн тенге. Вместе с этим БТА получил от него кредиты, объем которых к концу 2015 года составил 2,27 трлн тенге. По данным рейтингового агентства Standard & Poor’s, в начале 2016 года они занимали 60% в портфеле Казкома и примерно в 5,5 раз превышали его капитал.